A cause d'un envahisseur venu d'une autre dimension, MU, la ville de Tokyo se retrouve isolée. Un jeune homme de 17 ans, Kamina Ayato, est surpris par l'attaque d'un étrange chasseur. Bientôt, il rencontre une mystérieuse jeune fille, Mishima Reika... Ensemble, ils arrivent dans un temple souterrain situé dans la Baie de Tokyo où ils aperçoivent un énorme oeuf en lévitation. Comme guidé par la voix de Reika, quelque chose naît de cet oeuf : le mystérieux géant RahXephon. Ayato s'empare de celui-ci, et bat Dolem, l'Arme Géante. Malheureusement, Ayato perd Reika durant le combat et reçoit un choc en apprenant que le sang de la mère qui l'a élevé est bleu...
