Jedes Jahr werden Millionen Menschen von unglaublichen und geheimnisvollen Krankheiten heimgesucht. Die Krankenakten der Betroffenen lesen sich wie ein einziger Irrweg. Koennen Aerzte das Krankheitsbild nicht eindeutig zuordnen, liegen Fehldiagnosen auf der Hand. Oft wird sogar am Geisteszustand der Patienten gezweifelt. "Mystery Diagnosis" heftet sich an die Fersen der geheimnisvollen Kranken und rollt ihre Geschichte mittels Privatvideos und medizinischer Animationen Stück für Stück auf.