New York City zou dringend de hulp kunnen gebruiken van de Turtles, maar het probleem is dat drie van de vier reddenden schildpadden hun draad kwijt zijn. Het is aan aanvoerder Leonardo en zen-meester Splinter om van de groep weer een hechte bende te maken. En dan moet elke crimineel in New York oppassen. Zijn de Teenage Mutant Ninja Turtles al niet een tijdje over hun populariteitspiek heen? Feit is niettemin dat deze animatiefilm er visueel voortreffelijk uitziet en ook de stemmen worden ingesproken door bekenden als Sarah Michelle Gellar, Patrick Stewart en Laurence Fishburne.
