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李時珍就這樣認真刻苦，一絲不苟地寫下了他的巨著《本草綱目》。由於他在書中批判了水銀「無毒」，久服「成仙」「長生」等說法，當時皇帝大臣都信道士們的水銀煉丹，所以這部著作大書商們都不敢出版，直到他死後於公元1596年才與讀者見面。出版後立即引起了巨大的反響，人們到處傳播它，並進行翻刻，成為醫生們的必備書籍。從17世紀起，《本草綱目》陸續被譯成日、德、英、法、俄等五國文字。1953年出版的《中華人民共和國藥典》，共收集531種現代藥物和制劑；其中採取《本草綱目》中的藥物和制劑就有100種以上。