Jubei Kibagami est un "Shinobi", mercenaire ninja qui vend ses services tout en vagabondant à travers les forêts du Japon. Arrivant aux alentours d'un village, il y fait la connaissance d'une jeune fille belle et intrépide, Shigure. Mais le village est subitement attaqué par d'horribles monstres et rapidement réduit en cendres... Il sont à la recherche d'un artefact, la Pierre sacrée du Dragon, afin d'accomplir la prophétie de la jeune fille de la Lumière...
