Dr. Waldorf, ein Arzt, erscheint im Büro von Schimanski und Thanner und erhebt wirre und sehr allgemeine Anklagen gegen vorsätzliche Umweltverschmutzung: Verklappung von Giftstoffen in den Rhein, die zum Tod eines seiner Patienten geführt habe. Offensichtlich ein hysterischer Weltverbesserer - die beiden Kommissare erklären sich für nicht zuständig.
Als Waldorf wenig später ermordet in seiner Praxis aufgefunden wird, bekommt die Anklage ein anderes Gewicht. Verdächtig ist Baumgarten, der Direktor des Abfallverwertungsbetriebes, in dessen Auftrag mehrere Patienten des Arztes, darunter der an Krebs verstorbene Rheinschiffer Kaiser, regelmäßig Ladungen mit giftigen Abfallstoffen verschifft hatten. Ein Besuch an Bord bei Kaisers Witwe bringt Schimanski keine neuen Erkenntnisse darüber, ob sich Kaiser gemeinsam mit seinem Auftraggeber strafbar gemacht hat.
Schimanski muß sich auf andere Weise Gewißheit darüber verschaffen, wie Baumgartens "Abfallverwertung" funktioniert. Jacky Ruhl, Waldorfs charmante ehemalige Sprechenstundenhilfe, zeigt auffälliges Interesse am Fortgang der Ermittlungsarbeiten. Aber bevor der Mord an Waldorf aufgeklärt werden kann, wird auch Baumgarten umgebracht. Für die Kommissare scheinen die Motive klar zu sein: Vertuschung von krimineller Umweltverschmutzung im größeren Stil. Aber wer waren der oder die Täter?