Annie e Oakley duas espias enviadas pela equipe rocket vieram a altomare para saber um pouco mais sobre a lenda da joia da alma capaz de controlar os perigosos kabutops e aerodactyl para dominarem e afugentarem os cidadãos e uma grande catastrofe esta pra começar com uma terrivel enchente que podera inundar a cidade inteira e somente latias e latios podem impedir que a cidade seje condenada.