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『R-TYPE』（1987年）及び『R-TYPE II』（1989年）の実質的続編として製作されたと言われる。『R-TYPE』のフォースに代わるバリエーションとして自機から2本の触手を生やし、それを自機の移動によって操ると言うアイデアが盛り込まれている。

西暦2249年、惑星スタンの入植者が次々と謎の奇病を発症し、死亡する現象に見舞われた。科学者達が調査した結果、極小サイズのエイリアンが人体内に寄生したことに伴うショック死が原因であると断定され、対抗手段として感染者の体内にミクロ化した戦闘機「X-002」を注入しエイリアンの駆除に向かわせた