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R-TYPEシリーズの中でも外伝作の一つであり、『R-TYPE』本編の世界とは別の平行世界が舞台となっている。そのため『LEO』の世界ではバイドが存在せず、本作の殲滅対象は「機械生物」及び「機械生命体」とされている。同時にそれを触媒として製造されたフォース、及びバイド体に有効なダメージを与える波動砲の開発等も存在しないという独自の設定が成されている。

本来の時間（R-TYPEシリーズ）とは異なる並行世界の太陽系。人類はもう1つの地球として人工惑星「エデン」を開発したが、完成後に原因不明の暴走を引き起こしエデンが人類に対して攻撃を仕掛けてきた。

人類はエデンを破壊する為に2機の「R-9 LEO」を投入した。後に「エデン・パラドックス」と呼ばれる戦いである。