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跡を継いだ北条氏康と敵対し、関東管領上杉憲政や上杉朝定と同盟を結んで、天文15年（1546年）にともに北条領へ侵攻するが、河越夜戦で大敗すると、古河公方としての力を失ってしまう。そして命は助けられたものの、天文21年（1552年）に公方の座を子の義氏に譲ることを余儀なくされた上で、天文23年（1554年）には古河城を攻められ、氏康によって相模国波多野（神奈川県秦野市）に幽閉された。

弘治3年（1557年）7月、古河城復帰を許されたが、9月には氏康によって廃された嫡男・藤氏の義氏打倒の陰謀が発覚した。晴氏は再び拘束され、栗橋城主・野田氏のもとに預けられた。のちの永禄3年（1560年）5月27日、元栗橋（茨城県五霞町）の「嶋」にて死去した[6]。享年53。