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忍術の起源には多くの説があり、はっきりとわかってはいません。しかし一説によると聖徳太子が自身に仕えた「大伴細入」（おおとものほそひと）に「志能便」（しのび）という称号を与えたことが忍者のはじまりだとされています。大伴細入は、聖徳太子に仕え、優れた軍術を駆使して多くの功績を上げた人物です。

忍者の存在が史料上確実に確認できるのは、1336年～1392年の南北朝時代以後のことで、その起源は13世紀後半の悪党にあると考えられています。この悪党というのは、寺院や貴族などによる荘園制支配に反抗した人々のことです。

当時はまだ忍者という呼び名ではなく、その地方独自のさまざまな呼び名で呼ばれていました。室町時代に入ると荘園制度の衰退により、悪党の活動も減少していきますが、その代わりに悪党の血を引いた「地侍」が頭角をあらわします。

戦国時代に入り、徳川家や足利家など各地の戦国大名たちに召し抱えられた地侍はやがて忍者とよばれるようになります。戦国時代には夜討ちなどで出陣していましたが、江戸時代になって平和な世の中が訪れると、忍者は戦闘する機会も減り、主な仕事が情報収集や警護へと変わっていきます。そして江戸幕府から明治新政府へ政権が移ったことにより忍者はその役目を終えました。